בגמרא  בגיטין (נג, ב) נאמר שלדעת ר’ מאיר מי שנוטע בשביעית חייב לעקור את הנטיעה מפני שעבר על איסור תורה. מכאן משתמע לכאורה שנטיעה אסורה מהתורה ולא רק מדרבנן! כך הבינו רוב האחרונים

מנחת חינוך – הגמרא לא להלכה, מפני שהיא תואמת את שיטת ר’ מאיר, ובסוגיה זו נפסק כר’ יהודה

החזון איש הסביר שלא נענשים על נטיעה כמו על איסורי תורה אחרים מפני שהיא לא מפורשת בפסוק (לפי הכלל שלא עונשים מדברים שלא מפורשים בכתוב), אבל גם הרמב”ם מסכים שנטיעה אסורה מהתורה.

הרב אליהו בלומנצוויג תירץ שהתועלת של הנטיעה תהיה בעוד כמה שנים ולא בשמיטה עצמה, ולכן היא לא נאסרה מהתורה כמו נטיעה

הרב קוק תירץ שההבדל נעוץ בשאלה מה מצב הזרע לפני הזריעה. הגמרא עוסקת במקרה שאדם זורע גרעין של עץ בקרקע, כמו גרעין רגיל, וזה אסור מהתורה. הרמב”ם עסק במקרה בו הצמח כבר נמצא בצורה של שתיל ולכן הוא רק מפתח יצירה קיימת. מצב כזה נאסר רק מדרבנן.